国土の3分の2を占める森は、長年の森の放置という問題に直面しており、悪影響は川の魚にも及んでいる。鵜飼でも有名な長良川のアユは、この30年で大きく漁獲量が減った。30年前にできた加工堰がその理由だという。アユの激減は全国的な傾向で、各地の川底を掘る治水工事も理由として挙げられる。森は伐期を迎えた以降も長年放置され、土が乾き森の乾燥を招く。さらに温暖化がこれを勢いづけているという。森の渇きは昨今の山林火災とも関係があるが、一転極端な豪雨では森の土が削られてしまう。大量の土砂は川に流れ込み、泥が堆積するとアユのエサとなるコケの成長を阻害しアユの激減につながる。悪影響はほかの川魚にも及ぶ。研究を受け動き出したのは長良川上流の温泉施設。間伐材を使ったボイラーを設置。森の適切な管理につなげようとしている。
